L’INRGREF a pour mission de contribuer à l'élaboration de la politique nationale de recherche dans le domaine des eaux, du génie rural, et des forets et de réaliser toute recherche scientifique en relation avec ces domaines. Il contribue à la protection, à la conservation et à la rationalisation de l'exploitation des ressources naturelles et à la gestion durable de l'espace rural. La valorisation des eaux non conventionnelles fait partie intégrante des objectifs spécifiques de l’INRGREF.